נולד ביום כ"ד בסיון תקס"ד (19.6.1808) בהמבורג.
בשנות נעוריו עבד כשוליה בבית מסחר ויחד עם זאת למד יום יום לימודי קודש עם הרב יצחק ברנייס, רב העיר. לאחר שנתיים שלמד בגימנסיה (1826) למד במשך שנה וחצי בישיבתו של הרב יעקב אטלינגר במנהיים, ואז קבל סמכות לפנות להוראה. בשנת תק"צ (1830), בהיותו בן 22, נתמנה לרב הכולל במדינה הגרמנית אולדנבורג, שם כיהן 11 שנה. במהלך שנים אלו התחתן עם חנה (לבית יידל) ונולדו להם חמישה ילדים. בשנת תר"א (1841) עבר לאמדן, לשמש כרב ראשי במחוזות אוריך ואוסנברוך במדינת הנובר.
גישתו של הרש"ר הירש נחשפה ברוב עוצמתה בפרנקפורט. בפרנקפורט החלה רוח ההשכלה לנשוב ברוב עוזה אשר הביאה עמה רוח רפורמית המרימה את דגל המודרנה ודורכת בעטיה על הקהילה היהודית העתיקה, אשר היא העומדת מנגד. השלטונות שתפו פעולה עם הרוב בקהילה, והיא המייצגת הרפורמית, עד כדי כך שנוצר המצב שאנשי הדת החרדית נאלצו ללמוד תורה בסתר. עד אשר קמה קבוצת הקהילה החרדית ופנתה לשלטונות לקבלת רשות להסמיך עליה רב כרוחם, למרות שהם מיעוט. ואכן, נתקבל האישור ולאחר חיפושים מרובים פנו לרש"ר הירש אשר ענה בחיוב להצעה.
המצב בפרנקפורט מורכב, מן הצד האחד – קבוצת החרדים שאינה מתפשרת על כהוא זה, ומן הצד השני – חוגי היהודים המשכילים הקרובים לרפורמה, עד כדי כך שהחדירו את השפה הגרמנית בספסלי בית הכנסת ובית המדרש. שמעו של הרש"ר הירש וגישתו פרשה כנפיים ועל כן לכל אחד מן הצדדים הייתה ציפייה מן הרב בקרבתו לגישה שלהם דווקא. הרש"ר הירש בעומדו בין שני החוגים ניסה את דרך האמת של שיטתו, אשר במהלכה נתאכזב כל אחד מהצדדים, וכולם ראו בגישתו חוסר עקביות.
הדגמת דרך שיטתו "המאחדת": נשיאת נאום בטקס בגרמנית עם ויתור על דרשה בהלכה ובאגדה-אכזבה את החרדים. דרישתו הראשונה לייסד ישיבה בניקולשבורג כבימים עברו אכזבה את המשכילים. חוסר העקביות נראה לכאורה דווקא בתקנות הקהילה אשר תיקן:
"כל תושב יהודי בעיר זו חייב על פי דין תורה… להיות חבר בקהילת ישורון (כלומר בקהילה החרדית) שהיא הקהילה היהודית היחידה הקיימת בעיר זו עליו למלא שני תנאים בלבד:מילה ונישואין כשרים.שני תנאים אלה מגדירים אותו כיהודי ומאפשרים את צירופו לקהילה היהודית. מי שמחלל שבת בפרהסיה ואוכל טריפות, פסול מלהיות חבר בועד הקהילה, אך השתייכות לקהילה אינה נפסלת בשל כך".בפרנקפורט הקים בית ספר והיה למחנך דגול ונערץ על תלמידיו וזאת למרות היסוסי הורים רבים להפקיד את ילדיהם בידיו.
כתב ספרים במהלך חייו: "חורב" בו פונה בגישתו אל יהודי אשכנז, "איגרות צפון"- חוברת שעסקה בשאלות בוערות בהן מתלבט הדור הצעיר, "ביאור לתורה" ," תרגום התורה לגרמנית", "פירוש לתהילים", "פירוש לסידור התפילה".