נולד בפתח תקווה בי' בטבת תשמ"ח (30.12.1987), בן זקונים להוריו חוה ומאיר אחרי חמישה בנים וארבע בנות. למד בבית הספר היסודי "דרכי נועם" בפתח תקווה והמשיך לישיבה התיכונית "בני חיל" בקדומים.
נפתלי היה חבר בתנועות הנוער "בני עקיבא" ו"עזרא", ידע להביע את עצמו ואת דעותיו בנימוס רב. ביקש מחבריו להשתדל להיות מאוחדים יותר, רציניים יותר, מגובשים ואוהבים יותר איש את רעהו. רק כך, האמין נפתלי, ניתן יהיה להגיע להישגים חברתיים, ואולי אף התכוון (למרות שלא אמר זאת במפורש) שכך יהיה ניתן לבנות עולם טוב יותר, מתוקן יותר, ואהוב על הקב"ה ועל בני האדם.
ביום רביעי ד' בניסן תשס"א (28.03.2001) יצא נפתלי כמדי בוקר בהסעה מביתו לישיבה בקדומים. בתחנת הדלק ליד נווה ימין התאספו הנערים והמתינו לאוטובוס ממוגן. מחבל נושא חומר נפץ התקרב אל החבורה והתפוצץ לידם, בפיגוע נרצחו נפתלי וחברו אלירן רוזנברג.
נפתלי בן-ציון היה בן 13 שנים ושלושה חדשים במותו, הובא למנוחות בבית העלמין בסגולה, פתח תקווה. הניח הורים ותשעה אחים ואחיות.
